937年抗日战争爆发，海外华侨也掀起抗日救亡运动。1938年6月，19岁的孔迈同几个同学偷偷离开父母，他们怀着报效祖国的豪情壮志，毅然回国投身到抗日救亡的洪流之中。途经香港时，为了表示自己献身祖国的决心和与父母不辞而别的歉疚，便在自己一张7岁像片背面写上“妈妈，把我献给祖国吧！”。然后，托人转交给仍在印尼的父母。从此一别成为永诀。6月15日晚，他们从广州趁日军飞机空袭间隙搭上北去的列车，一路走走停停，几经风险，至7月7日抗战一周年之际才到达汉口，经八路军办事处介绍再北上到陕西西安八路军办事处报告，被分配到陕北公学分校学习。9月，他光荣参加中国共产党。是年冬，党中央成立抗大一分校，并号召大家打到敌人后方去，建立抗日根据地。孔迈报名参加，随抗大一分校两度东迁行程5000里。1939年日军出动5万多兵力，对晋东南抗日根据地进行大扫荡，孔迈受命带领战工队在壶关县山谷里组织群众抢运军粮支援前线。

　　1940年他被任命为民运工作团队长、副团长，参加沂蒙山抗日根据地建设。次年，他带领民运工作团在泰安、济宁、费县等地坚持反扫荡，许多战友献出了宝贵的生命，仅牙山栖霞辛庄山口抗日纪念碑便刻有胶东支校37名反扫荡英烈的名字，他左臂也中弹负伤，然而，战斗使他更坚强起来。